Les parents de Peter se sont rencontrés très jeunes, par le biais de leur travail : Richard était scientifique pour la compagnie OSCORP, dirigée par Norman Osborn, son fidèle ami. Mary, elle, était dans les bureaux de la société, à l'administration. Tous deux âgés de la vingtaine avaient décidé de se marier dans le courant de leur cinquième année de vie commune, et ce fut deux ans après leur union que naquit leur petit garçon. Si leur vie de couple et de famille semblait paisible, leur vie professionnelle, elle, était minée d'incidents et de danger. En effet, Richard travaillant comme scientifique spécialisé dans la génétique, étudiait les araignées, et plus particulièrement leur venin. Mais ce fut huit ans après que, stagnant dans ses recherches, il se vit contraint de vendre ses avancées prometteuses à son ami de longue date, Osborn. Ce dernier décida alors de commencer à utiliser ces précieuses données pour fabriquer des armes biologiques destinées à une organisation militaire étrangère. Bien entendu, lorsque Richard apprit les plans de Osborn, il refusa et décida de détruire tout ce qu'il put trouver. Devenu traitre de la société, il était activement recherché et décida donc de s'enfuir avec Mary, laissant leur fils, Peter, chez son frère Benjamin Parker et sa femme, Maybelle.
Le couple Parker grimpa dans un avion direction l'Algérie, mais leur voyage ne vit jamais sa fin: le scientifique déchu se défendit contre un agent recruté par OSCORP qui se faisait passer pour l'un des pilotes et qui avait été envoyé pour l'assassiner, lui et sa femme. À travers la bagarre, Mary se fit tirer dessus, et succomba à ses blessures. Mais l'avion perdit de l'altitude et chuta vers les montagnes. L'avion s'écrasa quelques minutes plus tard, ne laissant aucun survivant.
Cependant, juste avant le crash de l'appareil, Richard eu le temps d'envoyer le restant de ses précieuses recherches à la station de métro Roosevelt, fermée et condamnée au public, où il entreposait toutes ses plus grandes expériences, puis il détruisit son ordinateur portable, et l'intégralité de son contenu avant de périr dans l'accident.
Les autorités, alertées par le crash d'avion, prévenaient les familles des victimes et très vite, un appel retentit en pleine nuit chez Benjamin et Maybelle, les alertant du décès du couple Parker. Horrifiés par la nouvelle et accablés par le chagrin, le couple ne savait comment annoncer une telle chose à leur neveu qui dormait à l'étage. Mais dès que la nouvelle tomba, Peter s'enferma dans le mutisme et la dépression, refusant d'accepter la perte de ses parents. Pendant de longues années, il resta silencieux à se morfondre sur l'absence de ses parents, malgré la présence d'une tante et d'un oncle qui l'aimaient et l'élevaient comme s'il était leur propre fils. Ce ne fut que lorsqu'il eut dix ou onze ans qu'il ouvrit de nouveau la bouche.
Leur voisine, Miss Watson, qui avait recueilli sa belle-sœur et ses nièces, s'était mis en tête avec Tante May de faire rencontrer Mary-Jane, la plus jeune des deux filles, à Peter. Prétextant qu'ils avaient le même âge et qu'ils allaient aller dans la même école, les deux femmes pensaient bien faire : la petite fille aurait besoin d'amis, pour cette nouvelle année et ce déménagement impromptu, et Peter avait désespérément besoin de parler avec quiconque. Mais dès que l'on remettait le sujet sur le tapis, le garçon avait toujours quelque chose à faire : ses devoirs, finir un livre, aller faire du skateboard dans la rue ... chaque prétexte était bon pour ne pas se faire de nouveaux copains, et certainement pas une fille !
Instinctivement, Peter se rapprocha du champ d'expertise de son père lorsqu'il décida de poursuivre sa vocation, en prenant des cours de sciences appliquées au collège ainsi qu'au lycée. Et c'est lorsqu'il fouilla dans la cave chez Tante May et Oncle Ben à la recherche d'un de ses vieux kits de sciences, qu'il découvrit une vieille mallette appartenant à son père. Très vite, il découvrit la vérité sur son père, sur sa véritable personne : son travail, ses recherches, tout ce que son oncle et sa tante lui avait caché. Il décida de s'introduire par effraction chez OSCORP, à la recherche de réponses, espérant rencontrer le Docteur Curtis Connors, qui avait été le partenaire de son père, au sein de la société.
Cependant, c'est ce soir-là que Peter ne parvint pas à parler avec le docteur mais décida de le suivre et s'infiltrer dans un laboratoire où une forme de câble résistant était fabriqué par des araignées génétiquement modifiées ; l'une d'entre elles le mordit avant qu'il ne soit expulsé du laboratoire par l'une de stagiaires. Sur le chemin du retour, dans le métro, Peter se trouva de nouvelles capacités : une force et une agilité accrue ainsi que la possibilité de s'accrocher à n'importe quelle surface.
Poussé par le meurtre de son oncle dont il se sentait coupable, Peter avait décidé de partir à la recherche de l'homme qui avait tué Ben, utilisant ses nouvelles capacités à bon escient. Mais c'est en voyant un poster de luchador, ces catcheurs mexicains, qu'il décida de se créer un costume en élasthanne aux tons rouges et bleus avec le symbole d'une araignée sur le dos ainsi que le torse. Bien vite ses prouesses de bon samaritain furent reconnues par la presse, qui le nomma Spider-Man.
Mais beaucoup de citoyens, dont les forces de l'ordre ne croyaient pas en l'homme-araignée, et le pensait comme étant une menace à cause de sa soif de revanche.
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